매매차익에 대한 세금은 국내 주식으로 구성된 ETF의 경우 비과세이며, 국내주식형이 아닌 그외 ETF의 경우 매매차익에 대해 배당소득으로 과세가 된다. 정확하게는 ETF 매수 시점부터 매도 시점까지 과표기준가격의 상승분과 실제로 발생한 매매차익 중 적은 금액에 대해 15.4% 원천징수 된다. 과표기준가란 ETF 수익 중 비과세 되는 부분을 제외하고 과세 대상이 되는 금액만으로 계산한 별도 기준가격이다.
다음으로 분배금에서 발생하는 세금이 있다. ETF 내 편입된 주식에서 발생한 배당금, 채권 이자 등으로 쌓인 현금을 투자자에게 돌려주는 것을 분배금이라고 하는데, 주식의 배당금과 비슷한 개념으로 이해할 수 있다. ETF 분배금은 배당소득으로 15.4% 원천징수 후 입금된다. 참고로 분배금을 받기 위해서는 분배금 지급기준일에 ETF를 보유해야 하는데, 증권 시장 결제 주기가 T+2인 점을 고려할 때 상품별 분배금 지급기준일로부터 2영업일 전까지 ETF를 매수해야 한다.
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