기금은 설치의 용이함과 운용의 편의성 때문에 제도 도입 후 30여년이 지난 현재 그 수와 규모가 크게 증가했다. 1996년말 현재 공공기금 36개, 기타기금 38개 등 총 74개의 기금이 운영되고 있고,그 조성규모에 있어서도 66조8천63억원 수준으로 일반회계 규모와비슷한 수준(1996년 일반회계: 58조8천2백28억원)이다. 부처별 기금운영 현황을 보면 재경원 16개, 통산부 5개, 노동부 8개, 농림부7개, 교육부 5개, 문화체육부 5개 등의 공공기금 및 기타기금을 운영하고 있다.기금제도의 문제점은 ① 기금의 종류 및 규모의 급격한 증가와 일부 유사기능의 수행 ② 공공기금과 기타기금의 구분기준 모호성 ③여유자금 운용의 자의성 ④ 관계부처협의의 일관성 결여 및 기금관리 통제기능의 부족으로 요약할 수 있다. 재정체계의 복잡다기화로재정의 투명성을 저해하고, 기금관리주체의 자의적 운용으로 전체재정사업의 우선순위에 따른 재원배분을 어렵게 하여 재정운영의효율성을 저해하고 있다.기금예산의 경우 각 부처 예산집행의 자율성과 탄력성을 살릴 수있지만 행정부 내에서의 일관성 있는 조정과 국회의 심의기능이 배제되어 있다는 측면에서 여러가지 부작용을 낳고 있는 것이다. 그동안 기금제도의 문제점을 해결하기 위하여 재정개혁 조치로서양곡관리기금 농어촌발전기금 등의 기금이 정비되어 왔다. 그러나아직도 유사기능을 수행하는 기금과 미조성기금 및 영세기금이 다수 존재하여 국가재정 운영질서를 복잡하게 하고 재정운영의 효율성을 저하시키고 있다. 그리고 현행 기금관리기본법 체계에서는 기타기금이 대상에서 제외되고 있는 등 기금에 대한 통제기능을 강화하는데 있어서 한계가 있다.이와 같은 기금제도의 문제들을 개선하기 위해서는 기금의 재분류를 통한 통제의 강화, 유사기금의 통폐합, 기금관리 및 운용제도의개선 등의 제도개선이 이루어져야 할 것이다. 첫째로 현재 공공기금과 기타기금의 구분은 매우 자의적이고 비합리적으로 이루어져있으므로 기금의 재분류가 이루어져야 한다. 예를 들어 「국민연금기금」은 공공기금이지만 「공무원연금기금」은 기타기금이다. 「국민체육진흥기금」은 기타기금이나, 여기서 출연한 「청소년육성기금」은 공공기금이다. 준조세 성격을 갖는 각종 법정부담금을 재원으로 하는 다수의 기금이 기타기금으로 분류되고 있다. 기금의분류문제가 중요한 것은 이러한 자의적인 구분에도 불구하고 기금운용계획 수립 및 집행 절차에 있어서 큰 차이를 보이고 있기 때문이다. 공공기금의 경우 기금관리기본법의 대상이 되며, 국무회의심의 등을 받게 되어 있지만 기타기금의 경우에는 해당부처의 심의만을 받게 된다.실제로 39개의 기타기금 중 재원조성의 성격상 공공성이 큰 기금들이 상당수 있으며, 이들 기금은 공공기금으로 재분류되어 이들에대한 통제가 강화되어야 할 것이다. 재분류 대상이 되는 기타기금의 대표적인 예로서 국민체육진흥기금 문화예술진흥기금 축산발전기금 중소기업창업진흥기금 교통안전기금 도로교통안전협회기금 공무원연금기금 등을 들 수 있다.둘째로 예산체계의 통합과 단순화 그리고 기금예산운영의 투명성제고를 위해 유사기능을 가진 기금의 통폐합이 이루어져야 한다.유사기금의 통폐합을 통해 중복지원을 방지하고 기금관리비의 절감을 도모하며 자금지원의 효율성과 투명성을 제고해야 할 것이다.이러한 목적 달성을 위해 유사한 목적과 기능을 갖는 기금을 최대한 통폐합한다는 원칙을 적용해야 하며, 이 경우 윗부분과 같은 통폐합 방안이 검토되어야 할 것이다.셋째로 기금관리 및 운영제도의 전반적인 개선이 필요하다. 연금기금 및 체신예금 등이 운용하고 있는 공공여유자금을 공공목적으로 통합관리하기 위하여 1994년부터 운용되고 있는 「공공자금관리기금」의 운용을 통해 기금관리를 효율화하기 위해서는 각 기금의여유자금 규모를 객관적으로 산정할 수 있는 제도적 장치가 필요하다. 그리고 기금부문과 일반회계 특별회계 예산운영의 연계를 강화하고 중복투자 등을 방지하기 위해서 예산편성과정과 기금운용계획의 협의과정을 동시에 상호연계하여 진행함으로써 통합예산 중심의예산운영체제를 확립해야 한다. 또한 현행 「기금관리기본법」에서각 기금의 주요항목 지출금액의 독자적인 변경한도를 2분의1로 정한 것은 지나친 감이 있으며, 이를 축소해야 할 것이다.이상과 같은 제도개선을 통해 막대한 규모의 각종 기금예산 운영의효율성과 투명성을 제고하는 것이 향후 재정개혁의 중요과제로 추진되어야 할 것이다.◆ 기금 통폐합안(예시)1) 「국민체육진흥기금」과 「청소년육성기금」의 통폐합「청소년육성기금」의 재원조성의 성격과 관리주체에 대한 규정 등으로 미루어 볼 때, 두 기금을 통합하여 공공기금화함으로써 기금체계의 단순화와 통제 가능성 제고를 도모할 필요가 있다.2) 농림부 지원관련 각종 기금의 정비각종 농림부관련 자금을 일관되게 관리하는 종합관리부서를 신설함과 동시에 각 부서 및 산하조직을 정비한다.장기적으로는 투자와 보조사업을 농특회계로 일원화시키고, 기금은융자사업만을 담당한다.3) 「산업기반기금」과 「중소기업창업 및 진흥기금」의 통폐합두 기금은 모두 중소기업을 주요대상으로 융자사업을 시행하는 기금이므로 두 기금을 통합하여 공공기금으로 가칭 「산업기반개선및 중소기업진흥기금」을 설치한다.4) 「도서관 및 독서진흥기금」과 「문화예술진흥기금」의 통폐합「도서관 및 독서진흥기금」을 폐지하고 「문화예술진흥기금」의용도에 도서관 및 독서진흥을 포함시킨다.5) 「보훈기금」「순국선열·애국지사사업기금」「참전군인 등 지원기금」의 통폐합세 기금이 모두 독립유공자 및 국가유공자에 대한 각종 사업을 목적으로 하고 있다는 공통점을 가지므로 「순국선열·애국지사사업기금」과 「참전군인 등 지원기금」을 「보훈기금」에 통합한다.6) 「직업훈련촉진기금」「고용보험기금」「기능장려기금」의 통폐합「직업훈련촉진기금」을 「고용보험기금」에 통합하고 고용보험의사업내용 중 직업능력개발사업을 확대하며, 「기능장려기금」은 사업비의 비중이 매우 낮으므로 폐지하고 이를 한국산업인력공단에대한 정부출연금에 반영시킨다.7) 「산업재해예방기금」과 「산업재해보상보험기금」의 통폐합「산업재해예방기금」을 「산업재해보상보험기금」에 통합하고 「산업재해보상보험기금」에서 바로 한국산업안전공단에 출연한다.8) 「교통안전기금」과 「도로교통안전협회기금」의 정비「교통안전기금」은 교통사고의 예방, 「도로교통안전협회기금」은도로에서 일어나는 교통상의 위험과 장애예방을 목적으로 하고 있으며, 두 기금의 재원조성 방법도 유사하므로 두 기금을 통폐합하거나 사업내용을 조정한다.