지난 22일부터 새로운 한일어업협정이 발효됐지만 상대국 배타적경제수역（EEZ, Exclusive Economic Zone）에 대한 입어（入漁）조건 등의 실무협상이 순조롭지 못해 우리 어민들의 타격이 크다고한다. 종래 일본 EEZ내에서 조업해오던 우리 어선에 대해 조업에관한 세부적인 조건이 합의되지 않은 것을 이유로 일본이 조업을허용치 않고 있기 때문이다.한일어업협정은 「대한민국의 배타적 경제수역（EEZ）과 일본의 배타적 경제수역에 적용」（제1조）한다고 돼 있다. EEZ란 지난 94년12월에 발효된 유엔해양법 협약에서 인정하고 있는 것으로영해（12해리）기선으로부터 2백해리（약 3백65㎞）범위내에서 연안국의 경제주권이 인정되는 수역을 말한다.우리나라는 지난 95년12월 정기국회에서 유엔해양법 협약을 비준한바 있다. EEZ내에서 인정되는 연안국의 경제주권은 ① 어업및 해저광물자원에 관한 주권적 권리 ② 해수 풍수를 이용한 에너지 생산권 ③ 에너지 탐사권 ④ 해양과학 조사 관할권 ⑤ 해양환경보호에관한 관할권 등이 있다. 다른 나라의 배와 비행기의 통항 및 상공비행자유가 인정된다는 점을 제외하고는 영해와 다름없는 포괄적권리가 인정되고 있다. 따라서 다른 나라 어선이 EEZ내에서 조업하려면 연안국의 허가를 받아야 하고 이를 위반하면 나포되거나 처벌을 받게 된다.따라서 우리 어선들이 일본의 EEZ내에 진출해 조업을 하기 위해서는 실무협상의 타결이 선행돼야 한다. 물론 일본 어선의 한국EEZ내 조업도 실무협상에서 조업 척수와 조업장비규모 등에 관한합의가 이뤄져야만 가능하다.그런데 한일 양국은 연안이 가까워 어느 나라도 2백해리를 EEZ로확보할 수 없다. 따라서 양국은 어업협정에서 중간쯤되는 35해리를경계선으로 그어놓고 있다. 그러나 이해가 엇갈리는 독도주변해역은 한일 공동수역으로 정해 함께 관리하도록 했다.이 부분이 한일어업협정과 관련해 논란이 되고 있는 현안 가운데하나다. 독도를 공동관리수역에 포함시켜줌으로써 정부가 독도영유권을 포기한게 아니냐는 주장이 제기되고 있는 것이다. 독도는 우리 영토이기 때문에 12해리 영해를 갖고 그 영해기선에서 EEZ가 설정돼야 하는데도 어업협정에서는 독도를 중간수역에 넣어놓고 「독도」명칭표시나 한국영해 표시 어느 것도 하지 못해 한국의 배타적독도영유권을 크게 훼손했다는 것이다.이에 대해 외교통상부는 어업협정이 영해밖의 EEZ를 대상으로 어업문제만을 다루고 있기 때문에 영토문제와 전혀 상관이 없다고 해명하고 있다. 즉 독도의 영유권 뿐아니라 12해리 영해도 인정된다는것이다.특히 독도가 자체의 EEZ를 가지는지 여부및 한일간 어떠한 EEZ경계선에 합의할 것인지의 문제는 앞으로 해양경계 협상에서 다룰 문제로 어업협정과는 별개의 것이라고 설명하고 있다.다만 우리나라는 독도가 무인암도라는 이유로 한국EEZ의 기점으로삼지 않고 울릉도를 기점으로 잡아 울릉도와 일본 오키도 사이를한국의 EEZ획정선으로 설정하고 일본과 협상을 진행한바 있다.